Hlavní prioritou portugalského předsednictví bude přijetí nové smlouvy o fungování EU do konce října. Portugalský premiér José Sócrates na závěr zasedání Evropské rady z 21. a 22. června oznámil, že předsednictví svolá mezivládní konferenci, jež by měla být zahájena 23. července. Úkolem zástupců členských států na konferenci bude vypracovat znění budoucí smlouvy.
K dalším prioritám 
patří příprava nového cyklu strategie pro růst a zaměstnanost 
, který by se měl podle představ portugalské vlády více zaměřovat na inovace.
V oblasti spravedlnosti a vnitřních věcí budou hlavními body programu legální i nelegální přistěhovalectví a vstup nových členských států do schengenského prostoru .
Pokud jde o zahraniční politiku EU, předsednictví se bude soustředit na vztahy unie s Brazílií a s africkými a středomořskými zeměmi. Nejdůležitějšími událostmi v tomto směru budou historicky první summit EU-Brazílie 4. července a vrcholná schůzka EU a Afriky v prosinci, na níž by měla být přijata společná strategie.
Od ledna 2007 se uplatňuje nový systém rotace předsednictví v Radě EU. V jeho rámci sledují vždy tři po sobě jdoucí předsednictví společný program . Německo, Portugalsko a Slovinsko, které unii postupně předsedají v současném období, si stanovily tyto čtyři hlavní priority: vypracování nové smlouvy, posílení lisabonské strategie, přizpůsobení politik v oblasti bezpečnosti a spravedlnosti světovému vývoji a posílení úlohy unie na mezinárodní scéně. Třebaže se o předsednictví dělí tři země, oficiálně jej každý půlrok vykonává jen jedna z nich. Portugalsko tak v rámci těchto hlavních priorit stanovilo vlastní cíle.
Internetové stránky portugalského předsednictví
