Un Tratado europeo en octubre: ésta es la principal prioridad de la Presidencia portuguesa. Al término del Consejo Europeo del 21 y 22 de junio, el Primer Ministro portugués, José Sócrates, anunció que la Presidencia portuguesa convocaría una Conferencia Intergubernamental para el 23 de julio. La tarea de los representantes de los Estados miembros será pues redactar el futuro Tratado europeo.
Entre las prioridades 
está la preparación del nuevo ciclo de la estrategia de crecimiento y empleo 
, que la Presidencia portuguesa desea orientar más hacia la innovación.
En justicia y asuntos de interior, los principales puntos de la agenda serán la inmigración, clandestina o no, y el ingreso de nuevos Estados miembros en el espacio Schengen .
Por último, en lo que respecta a las relaciones exteriores, la Presidencia centrará su atención en las relaciones de la Unión Europea con Brasil y con los países de África y el Mediterráneo. Fechas clave: el 4 de julio se celebrará la primera Cumbre entre la Unión Europea y Brasil y, en diciembre, la Cumbre de la Unión Europea y África que deberá desembocar en la adopción de una estrategia común.
Desde enero de 2007 se aplica un nuevo sistema de rotación de la Presidencia del Consejo de la Unión Europea, según el cual se mantiene un programa común durante tres Presidencias sucesivas. Las Presidencias alemana, portuguesa y eslovena fijaron las cuatro grandes prioridades siguientes: redacción de un nuevo Tratado, consolidación de la Estrategia de Lisboa, adaptación de las políticas de seguridad y justicia a la evolución mundial y refuerzo de la presencia de la Unión Europea en la escena internacional. Aunque son tres los países que comparten la Presidencia, cada semestre la ostenta oficialmente uno de ellos. Por ello, Portugal ha determinado sus propias orientaciones para cada una de estas grandes prioridades.
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