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Os Secretários-Gerais do Parlamento Europeu e da Comissão Europeia serão responsáveis pela supervisão do sistema e pelos principais aspectos operacionais e tomarão, de mútuo acordo, as medidas necessárias para executar o presente acordo.
Para pôr o sistema em prática, os serviços do Parlamento Europeu e da Comissão Europeia criarão uma estrutura operacional comum. Essa estrutura será composta por um grupo de funcionários do Parlamento Europeu e da Comissão Europeia, com base em modalidades a acordar entre os serviços competentes. O Secretariado Comum do Registo funcionará sob a coordenação de um Chefe de Unidade, no quadro do Secretariado-Geral da Comissão Europeia. As suas funções incluirão a aplicação de medidas que contribuam para a qualidade do conteúdo do registo.
O Secretariado Comum do Registo estará em funcionamento no momento da entrada em vigor do Acordo Interinstitucional, em 23 de Junho de 2011. Nos termos do artigo 21.º do AI, o Secretariado será coordenado por Gérard LEGRIS, Chefe da Unidade «Transparência, relações com os grupos de interesses» no Secretariado-Geral da Comissão Europeia.
O Secretariado Comum do Registo de Transparência poderá ser contactado através do botão contacte o Registo na página inicial do Registo.
As principais tarefas do secretariado são as seguintes: