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Più di 30 agenzie sono attualmente presenti nei vari paesi dell'UE. Queste svolgono un ruolo importante nell'attuazione delle politiche dell'UE, in particolare attraverso mansioni tecniche, scientifiche, operative e/o di regolamentazione. Le istituzioni europee, in particolare la Commissione, possono quindi concentrarsi sull'elaborazione delle politiche.
Le agenzie rafforzano inoltre la cooperazione tra l'UE e i governi nazionali in settori importanti, riunendo le competenze tecniche e specialistiche disponibili a livello europeo e nazionale.
Le agenzie decentrate sono soggetti giuridici indipendenti di diritto europeo, distinti cioè dalle istituzioni dell'UE (Consiglio, Parlamento, Commissione, ecc.).
Istituite su base individuale nel corso degli anni per rispondere ad esigenze specifiche delle singole politiche, le agenzie operano in condizioni alquanto disparate. Nel 2012 l'UE ha deciso di rimediare a questa situazione adottando un insieme di linee guida – un "orientamento comune" – per rendere le agenzie più coerenti, efficaci e responsabili.
Questo nuovo quadro è il risultato dell'analisi condotta da un gruppo di lavoro dell'UE su governance, funzionamento e controllo delle agenzie e basata su una serie di rapporti e studi, tra cui un'esauriente valutazione esterna.