Agentúry a decentralizované orgány EÚ je možné zoskupiť do niekoľkých kategórií.

• Regulačné agentúry a orgány
  Na podporu špecifických činností členských štátov EÚ bolo založených množstvo špecializovaných a decentralizovaných agentúr EÚ. Tieto agentúry reagujú na potrebu geografickej decentralizácie a riešenia nových úloh právneho, technického, či vedeckého charakteru. Regulačné agentúry a orgány tvoria:
  • Agentúry pre určitú oblasť politiky
  • Agentúry spoločnej bezpečnostnej a obrannej politiky
  • Agentúry pre policajnú a justičnú spoluprácu v trestných veciach
• Agentúry a orgány EURATOM
  Tieto agentúry boli zriadené na účel podpory cieľov Zmluvy o založení Európskeho spoločenstva pre atómovú energiu (EURATOM), t. j. koordinovať výskumné programy členských štátov na mierové využívanie jadrovej energie, poskytovať informácie, infraštruktúru a finančné prostriedky na jadrovú energetiku a zabezpečiť, aby boli dodávky atómovej energie dostatočné a bezpečné.
• Výkonné agentúry
  Výkonné agentúry sú organizáciami zriadenými v súlade s nariadením Rady (ES) č. 58/2003 (Ú. v. ES L 11, 16. 1. 2003) , ktoré sú poverené niektorými úlohami týkajúcimi sa riadenia jedného alebo viacerých programov Spoločenstva. Tieto agentúry sú zriadené na dobu určitú. Musia mať sídlo v mieste sídla Európskej komisie (Brusel alebo Luxemburg).
• Orgány finančného dohľadu
  S cieľom zabrániť kumulácii rizík, ktoré by mohli ohroziť celkovú stabilitu finančného systému, boli v januári 2011 založené tri európske orgány dohľadu.

Európsky inovačný a technologický inštitút (EIT) je nezávislý, decentralizovaný orgán EÚ, ktorý sústreďuje najlepšie vedecké, podnikateľské a akademické zdroje s cieľom zvýšiť inovatívnu kapacitu Únie.