Agencje i organy zdecentralizowane UE można podzielić na kilka kategorii.

• Agencje i organy regulacyjne
  Zadanie wspierania państw UE i ich obywateli spoczywa na wyspecjalizowanych i zdecentralizowanych agencjach UE. Powstały one w odpowiedzi na dążenie do umieszczenia organów UE na terenie różnych państw członkowskich i potrzebę sprostania nowym zadaniom natury prawnej, technicznej bądź naukowej. Do agencji i organów regulacyjnych zalicza się:
  • Agencje zajmujące się poszczególnymi obszarami polityki UE
  • Agencje ds. wspólnej polityki bezpieczeństwa i obrony
  • Agencje ds. współpracy policyjnej i sądowej w sprawach karnych
• Agencje i organy Euratomu
  Organy te utworzono, aby umożliwić osiągnięcie celów określonych w Traktacie ustanawiającym Europejską Wspólnotę Energii Atomowej (EURATOM). Celem traktatu jest koordynacja programów naukowo-badawczych państw członkowskich w zakresie pokojowego wykorzystania energii jądrowej, udostępnienie zasobów wiedzy oraz infrastruktury i środków finansowych przeznaczonych na działania w tej dziedzinie, a także zapewnienie wystarczającej ilości energii jądrowej i bezpieczeństwa jej dostaw.
• Agencje wykonawcze
  Agencje wykonawcze to organizacje ustanowione zgodnie z rozporządzeniem Rady (WE) nr 58/2003 (Dz.U. 11 z 16.1.2003) w celu powierzenia im niektórych zadań odnoszących się do zarządzania jednym lub więcej programami wspólnotowymi. Agencje te powołane są na czas określony. Muszą się znajdować w miejscu siedziby Komisji Europejskiej (Bruksela lub Luksemburg).
• Organy nadzoru finansowego
  W styczniu 2011 r. ustanowiono trzy europejskie organy nadzoru, aby zapobiegać pojawieniu się zagrożeń, które mogłyby doprowadzić do zachwiania stabilności całego systemu finansowego.

Europejski Instytut Innowacji i Technologii (EIT) jest niezależnym, zdecentralizowanym organem UE, który łączy najlepsze zasoby naukowe, biznesowe i akademickie na rzecz zwiększenia zdolności innowacyjnych Unii Europejskiej.