De agentschappen en gedecentraliseerde organen van de EU kunnen in verschillende categorieën worden verdeeld.

• Regelgevende agentschappen en -organen
  De EU heeft een aantal agentschappen die zijn opgericht om de EU-landen en -burgers te ondersteunen. Zij zijn gevestigd in verschillende EU-landen. Deze agentschappen voeren juridische, technische en/of wetenschappelijke taken uit. De regelgevende agentschappen en organen zijn:
  • Beleidsagentschappen
  • Agentschappen voor het gemeenschappelijk veiligheids- en defensiebeleid
  • Agentschappen voor politiële en justitiële samenwerking in strafzaken
• Euratom-agentschappen en -organen
  Ondersteunen de uitvoering van het Euratom-Verdrag. Euratom coördineert het onderzoek naar vreedzame toepassing van kernenergie, levert de kennis, infrastructuur en financiële middelen voor de ontwikkeling van kernenergie en garandeert de kernenergievoorziening.
• Uitvoerende agentschappen
  Uitvoerende agentschappen zijn organisaties die zijn opgericht overeenkomstig Verordening (EG) nr. 58/2003 van de Raad (PB L 11 van 16.1.2003) teneinde bepaalde taken in verband met het beheer van een of meer communautaire programma's op zich te nemen. Deze agentschappen worden voor een welbepaalde periode opgericht. Ze worden gevestigd in de plaats waar de Europese Commissie haar zetel heeft (Brussel of Luxemburg).
• Financieel toezichthouders
  In januari 2011 zijn drie Europese instanties voor financieel toezicht opgericht om te voorkomen dat er risico's genomen worden die de stabiliteit van het financieel stelsel in gevaar brengen.

Het Europees instituut voor innovatie en technologie (EIT) is een onafhankelijk, gedecentraliseerd EU-orgaan dat wetenschap, bedrijfsleven en onderwijs samenbrengt om het innovatievermogen van de Unie een impuls te geven.