Sono state istituite una serie di agenzie europee specializzate e decentrate per fornire aiuto e consulenza agli Stati membri e ai loro cittadini. Le agenzie rispondono al desiderio di decentrare geograficamente gli organismi dell'Unione europea e all'esigenza di far fronte a nuovi compiti di natura giuridica, tecnica e/o scientifica. Si raggruppano in cinque categorie:
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Agenzie europee
Un'agenzia europea è un organismo di diritto pubblico europeo, distinto dalle istituzioni dell'UE (Consiglio, Parlamento europeo, Commissione, ecc.) e dotato di personalità giuridica. È istituita con un atto di diritto derivato e svolge compiti molto specifici di natura tecnica, scientifica o amministrativa.
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Agenzie per la politica di sicurezza e di difesa comune
Agenzie istituite per svolgere compiti molto specifici di natura tecnica, scientifica e amministrativa nell’ambito della politica di sicurezza e di difesa comune dell’Unione europea.
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Agenzie per la cooperazione di polizia e giudiziaria in materia penale
Un altro gruppo di agenzie è stato creato per aiutare gli Stati membri a collaborare nella lotta alla criminalità organizzata internazionale.
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Agenzie esecutive
Sono organizzazioni istituite secondo il regolamento (CE) n. 58/2003 del Consiglio (GU L 11 del 16.1.2003) 
, per svolgere determinati compiti relativi alla gestione di uno o più programmi dell'UE. Queste agenzie hanno una durata determinata e devono essere ubicate presso la sede della Commissione europea (Bruxelles o Lussemburgo).
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Agenzie e organismi di EURATOM
Si tratta di organismi costituiti per realizzare gli obiettivi del trattato che istituisce la Comunità europea dell'energia atomica (trattato EURATOM). Gli obiettivi del trattato sono: coordinare i programmi di ricerca degli Stati membri per l’uso pacifico dell’energia nucleare, mettere a disposizione conoscenze, infrastrutture e finanziamenti per lo sviluppo dell’energia nucleare e assicurare un approvvigionamento sufficiente e sicuro di energia atomica.
