EU:lla on erityyppisiä erillisvirastoja ja -elimiä:

• Sääntelyvirastot ja muut elimet
  EU-maiden ja niiden kansalaisten avuksi on perustettu useita erikoistuneita ja hajautettuja EU:n erillisvirastoja. Niiden taustalla on halu hajauttaa toimintoja maantieteellisesti ja tarve oppia hallitsemaan uusia oikeudellisia ja teknis-/tieteellisluonteisia tehtäviä. Sääntelyvirastoja ja muita elimiä ovat seuraavat:
  • Politiikan alojen virastot
  • Yhteiseen turvallisuus- ja puolustuspolitiikkaan liittyvät virastot
  • Poliisiyhteistyöhön ja oikeudelliseen yhteistyöhön rikosasioissa liittyvät virastot
• Euratom-sopimukseen perustuvat virastot ja laitokset
  Euratom-sopimukseen perustuvien virastojen tehtävänä on edistää Euroopan atomienergiayhteisön (Euratom) tavoitteita. Sopimuksen tarkoituksena on koordinoida EU-maiden ydinenergian rauhanomaista käyttöä koskevaa tutkimusta, edistää ydinenergiaa koskevan tietämyksen, infrastruktuurin ja rahoituksen jakamista sekä varmistaa ydinenergiatuotannon riittävyys ja turvallisuus.
• Toimeenpanovirastot
  Toimeenpanovirastot ovat neuvoston asetuksen (EY) N:o 58/2003 (EUVL L 11, 16.1.2003) mukaisesti perustettuja laitoksia, jotka vastaavat tietyistä EU:n ohjelmien hallinnointiin liittyvistä tehtävistä. Virastot perustetaan määräajaksi ja niiden on sijaittava Euroopan komission toimipaikassa (Brysselissä tai Luxemburgissa).
• Rahoitusvalvontaelimet
  Tammikuussa 2011 perustettiin kolme Euroopan valvontaviranomaista, jotta rahoitusjärjestelmän vakautta uhkaavilta riskeiltä voidaan välttyä.

Euroopan innovaatio- ja teknologiainstituutti (EIT) on itsenäinen ja erillinen EU:n laitos, jonka tehtävänä on edistää EU:n innovaatiokykyä hyödyntämällä parhaita mahdollisia tieteen, liiketoiminnan ja koulutuksen voimavaroja.