Οι οργανισμοί και αποκεντρωμένοι φορείς της ΕΕ μπορούν να ταξινομηθούν σε διάφορες κατηγορίες.

• Ρυθμιστικοί οργανισμοί και φορείς
  Στην ΕΕ έχουν συσταθεί διάφοροι εξειδικευμένοι και αποκεντρωμένοι οργανισμοί που σκοπό έχουν να παρέχουν στήριξη στα κράτη μέλη της ΕΕ και στους πολίτες τους. Οι οργανισμοί αυτοί ανταποκρίνονται στον στόχο της γεωγραφικής αποκέντρωσης και στην ανάγκη για ανάληψη νέων καθηκόντων νομικής, τεχνικής ή/και επιστημονικής φύσεως. Μεταξύ των ρυθμιστικών οργανισμών και φορέων συγκαταλέγονται:
  • Οργανισμοί χάραξης πολιτικής
  • Οργανισμοί για την Κοινή Πολιτική Ασφάλειας και Άμυνας
  • Οργανισμοί αστυνομικής και δικαστικής συνεργασίας σε ποινικές υποθέσεις
• Οργανισμοί της EURATOM
  Οι οργανισμοί αυτοί δημιουργήθηκαν για να προωθούν τους στόχους της Συνθήκης περί ιδρύσεως της Ευρωπαϊκής Κοινότητας Ατομικής Ενέργειας (EURATOM). Σκοπός της Συνθήκης είναι να συντονίζει τα ερευνητικά προγράμματα των κρατών μελών για ειρηνική χρήση της πυρηνικής ενέργειας, να προάγει τη γνώση, τις υποδομές και τη χρηματοδότηση της πυρηνικής ενέργειας και να μεριμνά για την επάρκεια και ασφάλεια του εφοδιασμού σε ατομική ενέργεια.
• Εκτελεστικοί οργανισμοί
  Πρόκειται για οργανισμούς που συστάθηκαν σύμφωνα με τον Κανονισμό (ΕΚ) αριθ. 58/2003 του Συμβουλίου (ΕΕ L 11 της 16.1.2003) με σκοπό την ανάθεση ορισμένων καθηκόντων σχετικά με τη διαχείριση ενός ή περισσότερων κοινοτικών προγραμμάτων. Οι οργανισμοί αυτοί έχουν συσταθεί για μια καθορισμένη περίοδο. Η έδρα τους πρέπει να βρίσκεται στην έδρα της Ευρωπαϊκής Επιτροπής (Βρυξέλλες ή Λουξεμβούργο).
• Οργανισμοί χρηματοπιστωτικής εποπτείας
  Τον Ιανουάριο 2011 ιδρύθηκαν τρεις ευρωπαϊκές εποπτικές αρχές με σκοπό την πρόληψη των συσσωρευμένων απειλών κατά της σταθερότητας του χρηματοπιστωτικού συστήματος στο σύνολό του.

Το Ευρωπαϊκό Ινστιτούτο Καινοτομίας και Τεχνολογίας (EIT) είναι ανεξάρτητος, αποκεντρωμένος φορέας της ΕΕ, ο οποίος συγκεντρώνει τους καλύτερους πόρους στους τομείς της επιστήμης, των επιχειρήσεων και της εκπαίδευσης με σκοπό να ενισχύσει την ικανότητα καινοτομίας της Ένωσης.